Vyhrál všechny soudní pře, ba i tu poslední 17. 11. 1851, v níž ho obvinili z trestních přestupků ve dvou článcích v kutnohorském „Slovanu“: „Správa záležitostí obecních“ a „Proč jsem občanem“. Hájil jej před soudem v Kutné Hoře JUDr. A. Frič, jeden z předních českých politiků roku 1848. Když vyšel s osvobozujícím rozsudkem ze soudní budovy, lidé ho zvedli na ramena a provolávali mu slávu. „To by museli odsoudit celý český národ,“ vykřikl někdo z davu. Večer v rozhovoru mezi přáteli Havlíček řekl, že mu to asi brzy spočítají.
Neuběhl měsíc a policie si pro něj přišla ve dvě hodiny v noci k rodičům do Německého Brodu. Musel nastoupit, práskli do spřežení a uháněli šest dní a nocí až jej vysadili do zimomřivého jitra městečka Brixen na severních útesech italských Alp. Na samotě u města mu vyhradili dům a nesměl se stýkat s obyvatelstvem. Jen co si srovnal věci, napsal Palackému dopis: „Praveno mi, abych si poroučel, čeho se mi zachce.“ JUDr. Pinkasovi z Kampy sdělil, že mu stanovili apanáž 500 zl. ročně, ale drahota ve městě si vyžaduje až 1000 zl. Úřední rétorika a předstíraná ohleduplnost zastírala fakt, že únos do Brixenu byl protiprávní.
Ministr Bach, který akcí zařídil, si byl jako právník vědom protiprávnosti Havlíčkova únosu, protože nebyl k ničemu podobnému odsouzen. Havlíčka znal osobně z mnoha jednání o jeho novinách. Bach si byl zároveň vědom toho, že má v hrsti nejschopnějšího a nebojácného novináře a nebezpečného odpůrce.
Německobrodský rodák po dokončení gymnázia v roce 1838 přijel do Prahy. Chtěl studovat filosofii a vstoupil do kněžského semináře. Studium mělo výhodu v tom, že bylo zdarma, nevýhodu, že tu žádné volnomyšlenkářství neplatilo, jen poslušnost a víra. Psal si aforismy a jedním se trefil do představitele semináře ředitele Dr. Antonína Rosta: „Pročpak nosí mnišské cechy/na klobouku velké střechy/jako praeses Antonín/Rádi mají v mozku stín.“
Rost napsal návrh na jeho vyloučení ze semináře. Havlíček vysedával v pražské klementinské knihovně nad fascikly a studoval. Povšiml si ho ředitel knihovny Šafařík a doporučil mu místo v Moskvě v rodině svého přítele prof. Ševyreva. Půldruhého roku tu poznával Rusko a zjistil, že je car ovládá stejně tvrdě, jako císař Rakousko. Obě monarchie jsou „žalářem národů“.
Havlíček si domů nesl na 90 epigramů a plné sešitky poznámek o životě na Rusi. Loajálnímu vědci Ševyrevovi nemusel moc vysvětlovat, jen srdečně poděkovat. Dva měsíce pobyl v Polsku, než se přivítal s rodiči. Zřejmě syna dobře znali a nechali jej nějaký čas doma, kde pilně studoval, psal a když přijel do Prahy, přivezl sebou knížku „Obrazy z Rus“, v níž zacloumal rusofilům osrdím. V podstatě mu byl car v Rusku stejně „ohleduplný“ ke svým poddaným národům, jako císař v Rakousku.
Zpodzima 1845 se rozčeřila hladina literárních polemik. Hlásila se nová generace, ráznější, ctižádostivější a Havlíček rozčeřil polemiku upřímnou, ale tvrdou kritikou Tylova románu „Poslední Čech“, jemuž vytkl sentimentalitu a ufňukanost. Nebylo to zrovna taktní, ale pravda času žádala už více a realističtějšího. Vstupovalo mládí bez iluzí a předsudků. Havlíček nahlas naznačoval, že nad právem národa se nefňuká, právo se žádá a jak říkal, je načase, „aby nám naše vlastenčení přešlo z úst do rukou.“
Bylo to bojovné a nesmlouvavé, jenže jak se odpovídá na útisk, který duchovní moc katolíků ruku v ruce s vládní mocí Habsburků uplatňují a „ubohé národy rdousí“ (Jungmann). Nic než pravdu v umění a literatuře, ale pravdu řečeno vysoce umělecky, říkal Havlíček stejně jako před ním literát a právník Chmelenský, tvůrce textu první české Škroupovy opery „Dráteník“.
Od 1. 1. 1846 Havlíčkovi svěřili řízení redakce „Pražských novin“ a jejich přílohy „Včela“, jež vedl do března 1848, kdy Vídeň zvichřily revoluční bouře, padla cenzura a byla vyhlášena konstituce. Ohlas Vídně se rozvlnil i v Praze na schůzi občanů ve Svatováclavských lázních dne 11. 3. 1848. Havlíček se stal členem Národní výboru, začal vydávat své „Národní noviny“ (5. 4. 1848 – 22. 4. 1849) a zanedlouho i jejich přílohou „Šotek“.
Byl stoupencem Palackého a jeho myšlenky austroslavismu, čili žádal rovnoprávnost slovanských národů pod křídly monarchie. Dne 2. 6. 1848 byl na Žofín svolán Slovanský sjezd, sjezdu předsedal Palacký a Havlíček se podílel na přijetí „Manifestu sjezdu Slovanského k národům Evropským“.
V roce 1848 byl zvolen do Říšského sněmu, který se musel z revoluční Vídně přesunout do Kroměříže (22. 11. 1848 – 7. 3. 1849). Tam zasedl do poslanecké lavice. Tehdy vytiskl Palackého odmítnutí německého pozvání na Frankfurtský sněm, v němž český historik Němcům odpověděl, že historická práva Čechů jsou stejná, jako práva německá, tudíž pozvání do Frankfurtu nepřijal.
Havlíčkovy noviny se staly doslova dějinami současnosti. Zveřejňoval v nich všechno podstatné, co souviselo s bojem Čechů za národní práva. Jenže české naděje z Kroměřížského sněmu brutálně ukončil osmnáctiletý Franz Josef I. tím, že sněm rozehnal vojskem. Potom vyhlásil svou, tzv. „oktrojovanou ústavu“ (4. 3. 1849), kterou obnovil svou absolutní císařskou moc.
Havlíčkovi zakázali 19. 1. 1850 vydávat Národní noviny, v nichž Palacký zveřejnil článek „O centralisaci a národní rovnoprávnosti v Rakousku“. Havlíček odešel do Kutné Hory a vymohl si vydávání časopisu „Slovan“. Obklíčen úředními hlídači i městskými radními pobouřil místní úřady knižním vydáním protiklerikálních článků „Epištoly kutnohorské“. Palacký mu poradil, aby shrnul své články z Národních novin do knížky, protože si byl vědom, že Havlíčkovy články jsou dokumentem pravdy času, čili dějinami Čechů. Havlíček knížku nazval „Duch Národních novin“. Posmutněle Palackému oznamoval: „Každý týden jednou mi konfiskují číslo,“ a „denunciace zde panuje až k ošklivosti.“
Když na Havlíčka jinak nemohli, vydaly úřady dodatek k císařovu nařízení o tisku, podle něhož mu kvůli několika již obdrženým výstrahám mohli „Slovan“ zastavit. Havlíček raději tvorbu zastavil sám v létě roku 1851.
V roce 1852 do Prahy z Tyrol někdo propašoval a v opisech šířil Havlíčkovy „Tyrolské elegie“, v nichž brixenský vyhnanec zesměšnil svou nedobrovolnou cestu do vyhnanství. Časem mu dovolili, aby za ním přijela jeho nemocná choť Julie s malou Zdeničkou. Pobyli s ním v Brixenu do roku 1854 a po jejich odjezdu předvolali Havlíčka k výslechu. Dostaly se jim do rukou jinotajné verše „Křest svatého Vladimíra“, jež někdo rovněž propašoval do Prahy. Ironizoval v nich světský despotismus a kněžskou hrabivost. Doma šly verše v opisech z ruky do ruky. Havlíček napsal v Brixenu ještě třetí satirické dílko „Král Lávra“ (1854). Inspiroval se irskou povídkou o králi s dlouhýma ušima, jež skrýval před světem. Ani tato Havlíčkova satira policii neušla.
Tělo mu chřadlo těžkou tuberkulózou a toužil po cestě domů za rodinou. Psal žádosti a psal zkroušeně, ba prosebně. Zžíravá choroba a ještě sžíravější otázky, co je s nemocnou chotí, co s dítětem, co přátelé rozehnáni do věznic, ústraní, světa. Po mnoha letech se ve vídeňských archivech našly zoufalé dopisy umírajícího Havlíčka a byly zveřejněny. Kdo se to bojí Havlíčka? Kdo si pamatuje, jak se bil s jejich absolutní mocí? Havlíčka přivezli v roce 1856 polomrtvého domů a oznámili mu, že Julie zemřela. MUDr. Staněk jej rychle zavezl do malých lázní ve Šternberku u Smečna, ale brzy jej v bezvědomí přivezli zpátky do pražského bytu švagra Jaroše u Masarykova nádraží.
Dne 1. 8. 1856 bylo u domu č. 1029/3 v dnešní Havlíčkově ulici plno statečných lidí a neméně policie. Pěvci Strakatý a Lukes zapěli „Salve Regina“. Na rakvi ležel věnec z trní od Boženy Němcové, který uvil její syn Karel, pozdější ředitel Pomologického ústavu v Praze. Pohřební průvod vyšel a za rakví šla rodina, Palacký, Němcová s mužem, Frič, Pinkas, lékař Staněk, velká garnitura statečných českých vlastenců, kteří zachraňovali existenci českého národa. Hudba J. K. Mayera začala hrát smutečnímu pochodu na Olšany.
